On yaşındaki Arthur, büyükannesinin kırsaldaki evinde yaz tatilini geçirmektedir. Büyükbabası Archibald, yıllar önce gizemli bir şekilde ortadan kaybolmuştur ve geride sadece efsaneler ve gizemli ipuçları bırakmıştır. Büyükannesinin evini kurtarmak için acil bir çözüm bulması gereken Arthur, büyükbabasının sakladığı ipuçlarını takip ederek Minimoylar adındaki minik yaratıkların dünyasına açılan bir geçit bulur.
Minimoylar dünyasında, cesur prenses Selenia ve kardeşi Betameche ile tanışır. Arthur, büyükbabasının kayboluşunun ardındaki sırrı çözmek ve büyükannesinin evini kurtarmak için bu minik kahramanlarla birlikte tehlikeli bir maceraya atılır. Kötü kalpli M the Malice'in Minimoylar dünyasını ele geçirme planlarını durdurmak ve büyükbabasını bulmak için Arthur, Minimoylar'ın boyutuna küçülerek onların dünyasında zorlu engelleri aşmak zorundadır. Bu yolculukta cesaret, dostluk ve aile bağlarının önemini keşfeder.